《中华人民共和国海关保税核查办法》规定，保税核查是指海关依法对监管期限内的保税加工货物、保税物流货物进行验核查证，检查监督保税加工企业、保税物流企业和海关特殊监管区域、保税监管场所内保税业务经营行为真实性、合法性的行为；  而《中华人民共和国海关稽查条例》规定，海关稽查是指海关自进出口货物放行之日起3年内或者在保税货物、减免税进出口货物的海关监管期限内，对被稽查人的会计账簿、会计凭证、报关单证以及其他有关资料和有关进出口货物进行核查，监督被稽查人进出口活动的真实性和合法性。单从定义上看，除了检查的范围不同，稽查的范围、稽查的面更广以外，就保税而言，都是对业务经营行为和进出口活动的真实性及合法性进行检查监督。事实上，二者本质上是有一定区别的，有主体不同、对象不同、程序不同、目的不同、职能不同和时间不同等。其中时间不同是指保税核查一般是在手册核销期或海关监管期内，核销后或海关监管期结束后即视为工作结束；而海关稽查除在保税货物的海关监管期限内开展工作，并作为重点外，如发现偷税漏税等违法、违规嫌疑，按照有关法律法规规定在手册核销后或者超过海关监管期限3年内，仍然可以依法检查、追缴税款及做出其他处理。海关稽查的建立，延伸了海关监管的时间和空间。

        保税核查可以分为常规核查、重点核查和专项核查。保税核查的范围包括：1、保税加工企业的厂房、仓库和主要生产设备以及法定代表人、主要负责人、注册地址、经营范围等企业基本情况与备案资料是否相符；2、保税加工企业是否设置规范的进出口原材料出仓帐、成品进出仓帐、边角余料、残次品进出仓帐、发外（委托）加工帐、国内采购原料进出仓帐、成品（国内销售）进出仓帐的财务账簿、报表，记录保税企业的财务状况和有关保税货物的进出口、存储、转移、销售、使用和损耗等情况，保持账单相符、账实相符；3、保税加工企业出现分立、合并、破产、搬迁或增资扩容等情形的，是否依照规定办理海关手续；4、保税加工企业开展深加工结转、外发加工业务的，是否符合海关对深加工结转或者外发加工条件和生产能力的有关规定；5、保税加工企业申报的进口料件和出口成品的商品名称、商品编码、规格型号、价格、原产地、数量的情况；6、保税加工企业申报的单耗、损耗情况；7、保税加工企业申报的内销保税货物的商品名称、商品编码、规格型号、价格、数量等情况；8、保税加工企业申报的加工结转以及外发加工货物的商品名称、商品编码、规格型号、数量等情况；9、保税加工企业申请放弃的保税货物的商品名称、商品编码、规格型号、数量等情况；10、保税加工企业申报的受灾保税货物的商品名称、商品编码、规格型号、数量、破损程度以及价值认定等情况；11、保税加工企业的不作价设备的名称、数量、使用等情况。

        海关稽查的范围是对企业的会计资料、报关与备案资料、进出口业务资料和相关进出口货物状态实施稽查。稽查的项目有以下几点：1、企业要建立相关的海关账册及进出仓的单据，建立健全财务账册；2、企业的进出口原材料（含结转进口的原材料）、国内原材料、出口成品（含结转出口的成品）和内销产品，要单独仓库存放，起码要分开独立堆放；3、企业在原材料和成品进出仓库时要加以区分，并分别设立进出仓登记和仓库账册，做好记录，同时经常比对实际仓库库存与合同理论库存之间的差异量；4、企业对加工流程中各种原材料的耗用、半成品的流转、各车间领料、各工序生产情况及各环节所产生的边角料、废料、废品或残次品等设立记录册，同时要注意边角料的损耗量与合同设定的单损耗的差异；5、企业的生产制单、工艺流程、实际用料情况（包括配方）等资料要齐全真实归档；6、企业实际生产的单耗或损耗超过合同备案的数值时，要立即到海关办理变更，不能等到核销时才申报，否则海关不予认可；7、企业在生产过程中出现非工艺损耗，即出现废品、残次品、试机材料等，要立即向海关申报，由海关核实并确定处理办法，不能等到核销时才申报，否则海关将不承认；8、企业不能擅自发外加工，不能借料、串料使用，当产生保税产品内销时，要及时通过合法手续向海关办理；9、企业不能存在已送货不转厂或超转、空转情况，在办理半成品结转手续要及时、以免海关下厂稽查时库存与报关数据不符；10、企业监管期内的机器设备的使用情况要符合海关规定；11、企业负责人要加强对报关员的监督管理，防止报关员借企业名义进行违法活动，没有进出口业务时手册应由企业集中保管，如：手册所登记的进出口货物是否是本企业所进出口的货物。