根据全国海关调查职能调整工作会议的精神，长沙海关调查局及其内设机构已撤销，设立了长沙海关的直属职能部门稽查处和风险管理处。稽查处负责组织实施本关区进出口货物常规稽查、专项稽查和贸易调查、市场调查等项工作；组织实施本关区企业进出口行为规范和报关单位、报关从业人员的管理工作；组织实施对本关区企业的分类管理和报关从业资格的处罚。负责一般贸易货物的税后稽查、加工贸易货物的后续稽查、减负税货物的后续稽查。风险管理处负责组织协调本关区的风险管理工作，并组织实施本关区的风险分析监控工作。原调查局负责的行政案件处理移交长沙海关缉私局。
